Perú es un país grande, de ahí que muchos viajeros con una estancia reducida elijan desplazarse en avión. Desde agosto de 1999, Aero Continente ha monopolizado de forma efectiva los vuelos interiores; pero las rutas que cubre son limitadas. En julio de 1999, LanPerú, copropiedad de LanChile, reanudó sus líneas interiores. Existen diferentes compañías pequeñas que vuelan a destinos remotos con aeronaves ligeras. Los trayectos dentro del país conllevan un 18 por ciento de impuestos, aunque es posible evitar el recargo adquiriendo los billetes en el extranjero. De todos modos, la tasa de salida es de 4 dólares.

Los autobuses públicos son el medio de transporte más habitual para las largas distancias. Resultan baratos, cómodos y salen con frecuencia. El pasaporte debe estar siempre disponible para mostrarse en los controles policiales. Se recomienda viajar de día. En las zonas remotas, los camiones suelen hacer las funciones de un autobús. Las tarifas se aplican según las distancias, aunque es preferible acordar el precio por adelantado. Los autobuses locales son lentos, baratos y viajan atestados de usuarios. Para bajar, hay que avisarlo. En los taxis se pacta el precio, pues los taxímetros no existen.

La privatización de los ferrocarriles gubernamentales (INAFER) es inminente. Los servicios OPERAN de la costa al altiplano: el ferrocarril central parte de Lima y llega hasta La Oroya, donde se bifurca en dirección norte y sur. La rama septentrional continúa hasta el Cerro de Paco y la meridional hasta Huancayo; aunque hay planes para abrir el tramo sur a los trenes de pasajeros, actualmente ambas rutas sólo se utilizan para el transporte de mercancías. Una corta línea de pasajeros une Huancayo con Huancavelica. El ferrocarril del sur enlaza Arequipa con el lago Titicaca y Cuzco. Es barato y confortable.

En las tierras bajas orientales, el transporte por barco es fundamental. Las canoas impulsadas por motores fuera borda sustituyen a los taxis y algunos cargueros de envergadura funcionan también como transporte fluvial.

Los puestos fronterizos terrestres entre Perú y Chile se encuentran en Tacna; entre Ecuador y Perú, en Tumbes; y entre Perú y Bolivia, en Desaguadero y en Yunguyo, a orillas del lago Titicaca. A Iquitos puede accederse por río desde Colombia o Brasil.